Susunan organisasi IPM dibuat secara berjenjang dari tingkat Pimpinan
Pusat, Pimpinan Wilayah, Pimpinan Daerah, Pimpinan Cabang, dan tingkat
Ranting. Pimpinan Pusat adalah kesatuan wilayah-wilayah dalam ruang
lingkup nasional. Pimpinan Wilayah adalah kesatuan daerah-daerah dalam
tingkat propinsi atau daerah tingkat I. Pimpinan Daerah adalah kesatuan
cabang-cabang dalam tingkat kabupaten/kotamadia atau daerah tingkat II.
Sedangkan Pimpinan Cabang adalah kesatuan ranting-ranting dalam satu
kecamatan. Pimpinan Ranting adalah kesatuan anggota-anggota dalam satu
sekolah, desa/kelurahan atau tempat lainnya. Saat ini, Ikatan Pelajar
Muhammadiyah telah menjangkau seluruh wilayah Indonesia.